Указом Президента Российской Федерации от 13 июня 2019 г. № 272 за заслуги в обеспечении безопасности государства, укрепление его обороноспособности и подготовке высококвалифицированных военных кадров училище награждено орденом Жукова
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 ноября 1979 г. за большие заслуги в подготовке высококвалифицированных офицерских кадров училище награждено орденом Октябрьской Революции.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 февраля 1968 г. за большие заслуги в подготовке офицерских кадров для вооруженных сил СССР и в связи с 50-летием Советской Армии и Военно-морского флота училище награждено орденом Красного Знамени.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 10 ноября 1989 года за большой вклад в подготовку офицерских кадров для Вооруженных Сил СССР награждается Краснодарское высшее военное училище имени генерала армии Штеменко С.М. почетной грамотой Президиума Верховного совета РСФСР.
3 ноября 1999 года личному составу Краснодарского военного института Министерства обороны Российской Федерации за большой вклад в укрепление обороноспособности страны и подготовку высококвалифицированных кадров объявлена благодарность Президента Российской Федерации.
